Atrakcją rezerwatu są również zwierzęta zbliżone do ras pierwotnych, jakie żyły na naszych terenach przed wiekami i jakie w różny sposób służyły ludziom. Zwierzęta mieszkają w „Zwierzyńcu”, czyli w rozległych zagrodach, w których znajdują się rekonstrukcje dawnych obiektów związanych z hodowlą.

Od wielu lat w Biskupinie hodowane są koniki polskie – prymitywna, odporna na choroby i wytrzymała rasa koni wywodząca się od leśnych tarpanów. W 1984 roku poszerzono hodowlę o owce wrzosówki i kozy. Owce wrzosówki spokrewnione są z muflonem europejskim i należą do grupy owiec północnych, krótkoogoniastych, odpornych na złe warunki środowiskowe i niedostatki pożywienia. Najmniej od czasów prehistorycznych zmieniły się kozy. Od kilku lat w Rezerwacie hodowane jest także bydło rasy polskiej czerwonej.